2000年1月7日，環保署將《濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書（初稿）》審查結論函送開發單位，要求開發單位就環境影響評估審查委員會第六十六次會議結論檢送補充資料。
4月5日，開發單位將補充資料函送到環保署。
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| 1999年12月環保團體推出黑面琵鷺參加千禧年總統大選 |
五二○前夕
4月26日，環保署召開「濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書定稿確認審查會議」，然而會議卻以開發單位所提資料明顯不足，決議不進入實體討論，並請開發單位依環評委員及專家學者所提書面意見補正後再議。
由於環評報告書定稿的確認會議時間，安排在政黨輪替之後，新舊政府交接前夕，難免會被引起不必要的聯想，包括七股海岸保護協會、中華鳥會、台南縣野鳥學會、台南環保聯盟、台灣綠色和平組織、台灣環保聯盟、主婦聯盟、美濃愛鄉協進會、看守台灣協會、動物社會研究室、濕地保護聯盟、國際黑面琵鷺救援聯盟（SAVE-Taiwan）、環境信託協會、自然生態攝影學會、生態保育聯盟等15個環保團體代表，以及立法院永續發展促進會趙永清、陳學聖、朱惠良與蘇煥智等立法委員聯袂前往環保署，針對環保署意圖在新舊政府交接前夕讓濱南案闖關表達不滿外，也一致要求環保署停止審查並將這個頗具爭議性、影響深遠的濱南案留待新政府來決定。
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2000年4月26日環保團體到環保署陳情，要求審查濱南案，留待新政府來決定。
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環保團體並指出，監察院於4月17日財政及經濟委員會第三屆第三十次會議中決議對環保署處理濱南案環評諸多不當情節提出糾正，環保署應立即就該等缺失提出補救措施，不應一錯再錯，造成不可彌補的遺憾。
不曉得是環保團體與立法委員抗議有效，還是監察院的糾正函有效，還是政黨輪替的關係，還是一切真的如會議結論所說的「因開發單位所提資料明顯不足，會議決議不進入實體討論，並請開發單位依委員及專家學者所提書面意見補正後再議」。
2006年1月19日政黨輪替後的「新政府」真的作了決定！
遲來的正義
在濱南案以「附帶條件」方式通過環境影響評估後，我們發現監察院對於濱南案相關的台南縣政府、經濟部工業局與環保署提出了二項糾正案。
雖然是遲來的正義，但也算是正義！
◎海岸土地劃設 糾正南縣府
針對海岸一定限度內不得為私有土地的問題，監察院財政及經濟委員會於2000年1月7日第三屆第二十三次會議，針對台南縣政府於1997年12月8日縣務會議決議在「臺南縣海岸一定限度內不得為私有土地之劃定作業要點」中增加第八點「經政府專案核准重大計畫不適用該要點」，顯然有為濱南案的開發預設立場，及經濟部工業局在台南縣政府未完成海岸一定範圍不得私有土地劃設前，即作成濱南案土地可讓售的決議，提出糾正案。內容如下：
- 台南縣政府為劃設海岸一定限度範圍內不得私有之土地範圍，訂定「台南縣海岸一定限度內不得為私有土地之劃定作業要點」，然於八十六年十二月八日之縣務會議卻決議增加第八點：「經政府專案核准重大計畫，不適用該要點」，顯然為濱南工業區之開發案預設立場，殊屬可議：土地法第十四條規定：「左列土地不得為私有：一、海岸一定限度內之土地。」，複查土地法施行法第五條規定：「土地法第十四條第一款至第四款所謂一定限度，由該管市、縣地政機關會同水利主管機關劃定之。」，其中土地法係於十九年六月三十日公佈，土地法施行法則於二十四年四月五日公佈，自該二法公佈迄今，台南縣政府仍未依上開法條規定，劃定海岸一定限度內之不得私有之土地範圍。內政部於八十六年七月廿八日召開「研商為因應本次續辦公地放領查註作業，有關土地法第十四條第一項第一款至第四款『一定限度』如何劃設會議」，會中作成決議略以：「請各縣市政府迅即就行政轄區內土地全面檢討，劃設上開不得私有之土地並予以公告」，台南縣政府雖據此於八十六年十一月十四日邀集中央及地方各有關機關共同會商，訂定「台南縣海岸一定限度內不得為私有土地之劃定作業要點」，卻於八十六年十二月八日之縣務會議決議增加第八點：「經政府專案核准重大計畫，不適用該要點」，該府表示此一重大計畫即為濱南工業區，在環境影響評估未通過前不得而知其範圍，即預先設此「濱南工業區條款」殊屬可議。
- 工業局於台南縣政府未完成海岸一定範圍不得私有土地劃設前，即作成土地可讓售之決議，顯非允當：前項劃設作業未完成前，工業局即於八十三年六月十六日邀請國有財產局、台灣省政府建設廳、台南縣政府及台鹽實業股份有限公司等單位進行濱南工業區預定地之現場會勘，並召開「勘察燁隆等企業編定工業區使用國有土地事宜」會議，會中並作成決議略以：「台南縣七股鄉海埔地之國有土地，原則同意由燁隆等企業依促產條例有關規定申請編定為工業區，俟奉行政院核定後，依有關規定辦理土地讓售事宜。」（詳見經濟部工業局八十三年七月四日工八三五字第○三○三一九號函），揆之該會議記錄，顯然未將土地法第十四條之規定納入考量，此一情形日後若經地政機關將該工業區之全部或部分土地劃為不得私有之範圍，致興辦工業人基於對前揭會議決議之信賴，則政府與興辦工業人兩造之紛爭將無可避免。工業局未究及此，顯非允當。
- 台南縣政府圖以先編定工業區，再以工業區區界劃定海岸一定限度內不得私有之土地，顯然迂迴脫法：復查促進產業升級條例施行細則第六十八條規定：「投資開發工業區之公民營事業、興辦工業人或土地所有權人申請核准編定之工業區範圍內公有土地，由各該公有土地管理機關辦理讓售。」是以濱南工業區之開發案而言，若以土地法而論，自有部分土地不得私有，惟若以促進產業升級條例施行細則而言，該工業區之土地卻可讓售，形成行政命令與法律二者顯不相容。經本院於八十八年十一月二十四日約詢工業局、水資源局、台南縣政府等單位，始發現彰化縣之劃設係彰濱工業區先行編定，再以該工業區區界為準，劃設海岸一定限度內不得私有之土地，是以台南縣政府所訂「台南縣海岸一定限度內不得為私有土地之劃定作業要點」第八點之排除條款，顯然意圖循彰濱工業區之模式，為濱南工業區之開發案解套，工業局對上開法令互不相容問題，不思循修法途徑解決，反而縱容地方政府、開發單位敗壞法紀，立下迂迴脫法不良示範，違失之咎甚明。 －監察院（八九）院台財字第892200024號
監察院糾正案是有人去陳情？還是監察委員主動調查？不得而知！但確定的是，現在去檢視《促進產業升級條例》就可以發現，工業專用港及工業專用碼頭內土地已經不能租購，僅能租用。
對許多參與環保運動的人而言，《促進產業升級條例》常常被簡稱為「促升」條例，有別於官方所稱的「促產」條例。
◎環評草率過關 糾正環保署
針對濱南案第二階段環境影響評估是否已超過法定期限？環保署是否已依法要求開發單位限期補正資料？是否應在未於期限內補正資料或補正資料未符合規定的情景下，駁回開發案等？監察院財政及經濟委員會於2000年4月17日第三屆第三十次會議決議對環保署辦理濱南工業區開發案環境影響評估審查，未將例假日併計為審查期限；又擅以會議結論，踰越母法授權；且於具有空氣污染防治專長的環境影響評估委員未出席開會；另出席審查會的委員僅四人且其中三人均反對使用潟湖情形下，仍草率通過環境影響評估，提出糾正案。內容如下：
- 行政院環境保護署（以下簡稱環保署）以扣除例假日方式計算環境影響評估法定審查期限，無視民眾權益，核有違失：經濟部工業局（以下簡稱工業局）前於八十五年二月十五日以工（八五）五字第○○六二九五號函送「濱南工業區（精緻一貫作業鋼廠、石化綜合廠及工業專港）開發計畫替代方案環境影響說明書」予行政院環境保護署（以下簡稱環保署）。該案經開發單位於同年三月十三日繳交審查費，復由環保署於四月十九日召開專案小組初審會議，並於五月六日經環保署環境影響評估審查委員會第二十六次會議討論作成環境影響說明書審查結論，決議該案「有條件繼續進行第二階段環境影響評估」，其審查期間共計四十四日。嗣後，該署即依環境影響評估法第七條規定於八十五年六月五日以（八五）環署綜字第三一一一五號函公告該案之環境影響說明書審查結論，並通知工業局。該局遵照該審查結論於八十六年十二月三十日依環境影響評估法第十三條規定，函送「大東亞石油化學股份有限公司」及「燁隆集團」之「濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書」（以下簡稱評估書）初稿及該局辦理該案之現場勘查及聽證會紀錄至環保署，經環保署初審後於八十七年二月九日函請開發單位補正及依「環境影響評估書件審查收費辦法」繳交審查費。開發單位復於八十七年二月十八日依環保署函示辦理後，該署即對該案之環境影響評估進行實體審查。八十七年二月二十七日環保署函送評估書初稿徵詢環境影響評估審查委員會專案小組（以下簡稱專案小組）成員之意見。環保署遂依該小組成員之意見及開發單位就該等意見之補充說明，將該案之環境影響評估分六項議題及綜合討論方式辦理。全案原預計召開四次專案小組初審會議後，提環境影響評估委員會專案小組討論，然八十七年三月十九日立法委員蘇煥智去函該署略以：「分六組審查猶嫌不足，建議增為十組，較能探討問題之癥結」，嗣後該署經與三位專案小組召集人商討，同意分成十項議題及綜合討論方式進行審查。全案即自八十七年四月七日起召開第一次專案小組初審會議，至八十八年十一月二十三日止，已召開十三次專案小組初審會及三次學者專家會議，其中第十三次初審會議，其結論要求開發單位應於一個月內再行補送相關資料，據以辦理後續之審查。綜上，該案開發單位自八十七年二月十九日補正評估書資料並繳交審查費後，至八十八年十一月二十二日召開第十三次初審會議止，若以日曆天計算，其審查期間業已超過環境影響評估法第十三條：「目的事業主管機關應將前條之勘查現場紀錄、聽證會紀錄及評估書初稿送請主管機關審查。主管機關應於六十日內作成審查結論，並將審查結論送達目的事業主管機關及開發單位；開發單位應依審查結論修正評估書初稿，作成評估書，送主管機關依審查結論認可。前項評估書經主管機關認可後，應將評估書及審查結論摘要公告，並刊登公報。但情形特殊者，其審查期限之延長以六十日為限」之規定。環保署於八十八年十二月十三日接受本院約詢時，主張將該等期間之例假日及全國能源會議結論未完成前之日期不計入審查期間。若依該署之計算方式，截至八十八年十一月二十二日為止，實際審查期間為一一○天，尚未逾越法定最高一二○天之上限。然查審查期限因情形特殊而延長者，主管機關環保署應於一二○天內作成審查結論，前揭環境影響評估法第十三條就系爭期限之規定，本諸文義解釋之優先性，並無疑義。而該項期限規定，屬於行政行為之「期間」性質，復經本院八十八年十二月十三日約詢環保署證述在案。果爾，則期間之起算與終止無論是類推適用民法，抑或以環境影響評估法及其相關子法而言，均無期間進行中之計算扣減例假日之相關依據。環保署未究及此，竟於欠缺法令授權情形下，擅自將例假日扣除，置民眾權益於不顧，核有違失。
- 環保署擅以會議結論，踰越母法所定之審查期限，顯非允當：環保署於八十八年十一月二十二日召開第十三次初審會議後，經扣除例假日核算該案審查期限已達一一○天，距法定審查期限一二○天僅剩十天，該署為解決此一問題，不思循修法途徑，將審查期限之計算及其扣減事由，明確規範，以符行政行為明確性原則並能因應個案差異俾彈性處理。竟於八十八年十一月二十五日召開「有關環境影響評估案件審查原則研商會議」時作成決議略以：「環境影響說明書或環境影響評估報告書初稿，因開發內容影響層面廣泛、複雜度高，於審查過程中，有逾審查期限之虞者，經開發單位要求繼續審查，並經本署環境影響評估審查委員會同意後，雖逾審查期限，應繼續審查。」揆之該決議並無環境影響評估法上之授權依據，且明確違反該法第十三條之規定，顯非允當；又決議「繼續審查」並未設一定期限，顯然無視法定審查期限之存在。
- 環保署未建立有效機制，對於專案小組遲不作成決議之情形，束手無策，卻於審查期限壓力之下，草率通過環境影響評估審查，衍生諸多爭議，顯非允當：查本案專案小組自八十七年四月七日起，計召開十三次初審會，然各次會議遲遲均未作成決議，卻一再要求開發單位補正資料。此一情形，環保署於八十八年十二月十三日接受本院約詢時表示：「初審會會作如何結論，我們幕僚作業無法預期」、「他們為任期制，任期二年。目前沒有監督環評委員的機制。」，是以環保署對於專案小組遲遲無結論顯然束手無策。該署為全國最高之環境保護主管機關，專司環境保護法令之制定與制度之建立，然面對此一問題時，不思積極建立有效機制，以促專案小組積極審查，卻因審查期限之壓力，倉促於八十八年十二月十七日十四時三十分以臨時提案方式就該案審查結果，其結論為有條件接受環境影響評估審查。揆之該等結論所提附帶條件雖計列二十七項，要求開發單位修正、補充事項計八項，涉及政府權責事項，列有附帶建議九項，然查其審查結果無定案之疆界，即開發案確切之位置、面積、規模均未確定，實顯過程草率，玆分述其中爭議之點如左：
- 本案有關二氧化碳之排放，因涉及聯合國氣候變化綱要公約、我國在全球一三五個主要國家中，二氧化碳排放量高居全球第二十四位及區域性空氣品質保護之考量，有關污染性氣體之排放，本應徵詢空氣污染防治專家之意見，審慎審核。然查環保署環境影響評估委員會中具有空氣污染防治專長之委員僅一位，該委員除於是日未出席審查外，經查環保署歷次就本案舉辦之環境影響評估審查會共十四次（八十七年四月二十四日、八十七年六月二日、八十七年六月十五日、八十七年六月二十五日、八十七年七月九日、八十七年七月十七日、八十八年一月二十九日上午、八十八年一月二十九日下午、八十八年二月八日、八十八年五月十五日、八十八年七月二十三日、八十八年八月十二日、八十八年八月二十六日、八十八年十月十三日。）該委員亦無參加紀錄（會議記錄並無該委員之簽名），此一情形，該署並未謀求因應對策（如：更換審查委員、催告履行義務），非屬有當。
- 有關潟湖之使用，歷次初審會結論中最重要者為：「以模式模擬本開發計畫使用潟湖面積比率結果，不論任何使用潟湖面積比率（百分之五、百分之十、百分之十五、百分之二十、百分之二十五、百分之三十）對潟湖生態均有影響，其中潟湖使用百分之五就等於將北潮口堵塞，潟湖之潮口堵塞與否為影響潟湖生態之關鍵因素，建議開發單位以儘量不使用潟湖為原則。」然環保署於八十八年十二月十五日舉辦本案十四次初審會時，對此關鍵性議題，竟於環境影響評估審查委員會審查委員僅四人出席情形下，即召開會議，且於其中三位委員均發言表達反對使用任何比例潟湖之意見下，該署仍通過該開發案之審查，致外界對於審查會究竟應採「多數決」抑或「共識決」甚或由環境影響評估委員會主席本於職權為最終之決定存有疑義，然該爭議發生迄今，該署仍未於環境影響評估相關法令中明文規範，並非有當。
- 環保署表示：潟湖以作為港區為限，然依法工業港仍須另提環境影響評估案，且須耗費相當時日方得完成。查濱南工業區與工業港之開發，二者具有相輔相成之主從關係，若無工業港之興建，則濱南工業區正式量產亦無以實現，且潟湖使用百分之五之限制，可能迫使開發單位取消煉鋼廠部分開發，環保署對此雖為明知，卻未要求開發單位同時提出「濱南工業區」與「工業港」之環境影響評估以利縮短審查時程，形成「濱南工業區」通過環境影響評估後，仍無以確定「工業港」是否可資興建？此不確定因素除影響業者投資意願外，亦凸顯該署環境影響評估委員會之審查效率低落，應檢討改進。
- 環保署依環境影響評估法組成「環境影響評估審查委員會」，其目的係藉由專家學者之公正超然立場，為開發行為善盡預防污染之把關責任。尤以環境影響評估委員受託行使公權力，本應負責盡職，奉獻智慧，審慎審查，方不負全體納稅義務人之付託，然查部分審查委員長期出席率偏低（不論初審或大會審查），卻仍有寬裕時間接受該署之委託研究計畫，棄守環境影響評估把關之責任，然該署卻不思訂定相關法令以資規範，殊有未當。
- 綜上論結，本案環保署於欠缺法律授權情形下，竟將法定環境影響評估審查期限之上限，擴大解釋為不計例假日期間，又擅以會議結論，排除母法對於審查期限之規定，而對於二氧化碳排放之重要議題，於具有空氣污染防治專長之環境影響評估委員長期未出席開會情形下，草率通過環境影響評估，前揭情節，核有失當。爰依監察法第二十四條規定，提案糾正行政院環境保護署，函請行政院轉飭所屬改善見復。-- 監察院（八九）院台財字第892200294號
1999年8月27日，我與生態保育聯盟召集人林聖崇，到監察院向輪值的馬以工委員陳情，陳請重視環保署在處理濱南案環境影響評估過程中的諸多缺失，不曉得糾正案是不是因為我們的陳情而起。
環保署在獲悉我們的陳情後，1999年9月2日發出去的函件，就明確要求開發單位應在四十天內釐清或補正資料，而1999年12月15日開完專案小組第十四次會議後，隔不到四十八小時就把濱南案以臨時提案的方式交付環評委員會議處理，是環保署在「可計時」與「不可計時」下，總計120天的最後期限。
糾正案裡頭還有一項需要特別點出的是，文中提到環保署官員在1999年12月13日監察院約詢時表示：「初審會會作如何結論，我們幕僚作業無法預期」，但回頭去檢驗環保署1999年12月15日專案小組第十四次初審會議紀錄，卻發現會議中環評委員與機關代表的發言中皆指出幕僚作業單位在專案小組初審會結論中所扮演的角色。
雖然這個糾正案無法扭轉濱南案有條件通過環評的事實，但糾正案之後，環保署修正了《環境影響評估法施行細則》第十五條文及增訂了《環境影響評估法》第十三條之一條文。
有了這些增修訂條文後，再也不會有審查期限的問題了！
定稿多波折
政黨輪替，新舊政府完成交接後，濱南案環評的後續作業並沒有因為「綠色執政」停了下來。
因為，環保署已經將開發單位環境影響評估初稿的審查結果送達經濟部與開發單位，而開發單位也已經依審查結論提出補充及修正後的評估報告書，送環保署認可。因此，環保署還有後續的認可、公告評估書報告書審查結論及摘要等程序要進行。
◎補充再補充
2000年6月6日，開發單位依據4月26日「濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書定稿確認審查會議」結論，提出《濱南工業區開發計畫環境影響評估審查委員會第六十六次會議八項應補充修正意見資料》。
7月4日，環保署將開發單位提出的資料函送給環評委員及專家學者。
8月7日，環保署把彙整後的《濱南工業區開發計畫環境影響評估審查委員會第六十六次會議八項應補充修正意見表》函送開發單位。環保署函送的應補充修正意見共有十八項，包括「開發單位所提的資料並未觸及海岸沖淤演算結果及影響」、「開發單位所提海岸保護設施，因防波堤已將由北向南沿岸漂砂完全切斷，在無砂源可補充下，難以達到海岸保護的目的」、「開發單位辦理的水工模型試驗，因模型比例尺太小，造波時間不足，其結果信賴性可疑」等。
10月30日，開發單位檢送《濱南工業區開發計畫環境影響評估審查委員會第六十六次會議八項應補充修正意見書面意見答覆說明》給環保署。
在書面意見一來一往之後。11月29日，環保署終於召開「濱南工業區開發計畫環境影響評估審查委員會第六十六次會議八項應補充修正意見審查會議」。
審查會中，專家學者除了點出開發單位答覆意見中關於生態系模式的模擬部份仍有不少錯誤外，也認為七股潟湖因大環境的影響已出現加速變遷的現象，潟湖的水理、生態都已與過去有所不同，應該重新作評估；該學者表示：他人不同意此次會議是定位在「環評已通過，只是在修訂定稿」而已，他相信大多數委員均未同意本案已通過環評可以開發。至於當初將濱南工業區與工業港分開開發與作環評的決定，則非常不合理，如果業者開發到一半發現有負面影響而應該予以中止時，損失不是更大嗎？
開發單位還是跟以前一樣的不用心，除了把海域生態監測項目中應增列的「頂蛇鰻」，用「土龍」的照片頂替外，甚至在補充意見將5%潟湖面積的用途與建廠用途混淆在一起，明顯違反審查結論，但會議結論的語調還是跟以前一樣：「請開發單位就潟湖的北潮口位置、使用比率及開發規模之調整結果、潟湖生態系統之影響及委員、專家學者所提其他意見一併補正後再行確認。」
2001年1月12日，環保署再召開「濱南工業區開發計畫環境影響評估審查委員會第六十六次會議八項應補充修正意見第二次審查會議」。
審查會前傳出，行政院經建會中長期資金運用策劃推動小組已於2001年1月2日召開的第五十一次會議中，註銷燁隆集團申請的「濱南工業區一貫作業煉鋼廠購置自動化機器設備低利優惠貸款」243.2億。
審查會中，除了台南縣政府認為濱南案已經通過，明確表明縣政府站在贊成開發的立場外，絕大多數的環評委員與專家學者還是砲聲隆隆，其中，曾經建議二大工廠擇一設立的專家學者除了對開發單位沒有針對他的建議有所回應表達不滿外，也因開發單位修正意見書並未遵照前次會議的結論辦理，建議退回修正意見書。也有學者表示本案雖經環評委員會有條件通過，但對環境的衝擊仍有甚多政策面與技術面爭議與疑點待澄清，且環評過程的週延性也有待斟酌之處，建議：（1）應辦理政策環評；（2）工業區、工業港、海水淡化廠、汽電共生廠等應合併辦理環境影響評估；（3）供水問題應有明確的解決方式，在供水問題未能明確解決前，本案應予退回；（4）本案投資效益應重新評估；（5）本案社會成本應作量化評估。另一家專家學者則以書面意見表示：依據南高屏總量管制計畫子計畫（B4）結論，本案如果實施，將使得2006年的各項管制對策無法達成3%的目標，建請會議主席考量是否要通過本案。其他書面意見除指出開發單位所作的生態模式仍不正確、不可靠外，也一一點出本開發案審理過程中的一些盲點，更針對這個爭議不休，甚至無法得到結論的案子，建議依照美國「國家環境政策法」的環評制度，予以擱置，切勿便宜行事，應該為百姓生靈勇敢地說「不」。
當然，也有部分環評委員基於程序的延續，認為應該在開發計畫已經有條件通過環評的基礎上，要求開發單位於開發前兌現應有的承諾，以及開發後應注意的事項，例如開發、營運時，地方政府環保單位應確實執行環境監測與取締，以維持環境品質等。
雖然環評結論已經明白宣示：「為減輕本計畫對海岸及生態之衝擊，開發單位應以分期分區方式進行開發，且開發初期為興建港灣之需要，最多使用百分之五之潟湖面積外（並需維持北潮口之暢通），其餘潟湖面積暫不得使用。」但開發單位好像是把環評結論當耳邊風，會議結論除了：「請開發單位依委員、專家學者所提意見補正資料後進行書面確認。」外，又多了「本署將於會後安排時間請本案專案小組委員、專家學者至現場勘查，以瞭解潟湖現況及其北潮口位置。」
2月15日，環保署再次辦理濱南工業區開發計畫基地現場勘查。被通知的環評委員與專家學者有30位，到場的只有3位！
3月8日，開發單位提出《濱南工業區開發計畫環境影響評估審查委員會第六十六次會議八項應補充修正意見資料補正資料》。
5月14日，環保署再請開發單位就下列事項提供補正資料：
- 輸煤及儲煤設備宜加蓋，以免煤塵影響潟湖。
- 請將潟湖的使用面積減少成2.5%，並保留南航道成一直線入潟湖，如附件。
- 鹽田的使用界限應為低潮時地基的位置。
- 開發單位雖引用1933年Christensen and D. Pauly （eds.）編輯的Trophic models of aquatic ecosystems一書中的四篇報告，認為細菌及分解者之trophic level皆為2.0。但此一引用仍為錯誤，因為該等報告是模式發展初期的例子，為研討會出版之論文集，並非經同儕審查制度的正式學術期刊報告，故書中的謬誤處仍多。在參考引用時必須謹慎且需靠研究者本身生態的知識加以判斷。而細菌之基礎生產者角色是不容置疑的，故其trophic level應是1.0而非2.0。其實在Christensen et. al.（2000）最新的ECOPATH/ECOSIM手冊中已建議目前不宜將細菌納入模式中，此乃因bacterial flow會完全掩蓋其他生物能量的傳輸而影響到模式的準確性。故開發單位在任意加入或採用其他生物的參數時，應要以生態常識作判斷，以免創造出一個不合邏輯與實際狀況的模式而不自知。模式的準確性完全在於提供參數的可靠性，若隨意更動或加入任何參數，即可能會影響模式中的其他參數目環環相扣的關連性。
- 紅樹林對潟湖生態之影響絕非只靠水質資料即可代表，紅樹林本生的生產力有多少？落葉量有多少？碎屑的產量？上述條件如何影響七股潟湖的魚蝦解貝類的生物量？其生產力季節性變化如何？是否為供應七股潟湖生物之碎屑來源等等均應納入考量，此等因素並非水質一項可以顯示。
6月21日，開發單位提出《濱南工業區開發計畫環境影響評估審查委員會第六十六次會議八項應補充修正意見資料補正資料》。
8月13日，環保署再請開發單位就下列事項提供補正資料：
- 請回歸環境影響說明書最終審查意見：「以棧橋方式輸煤及其他機具設備不破壞潟湖」為原則之計畫。
- 不同意開發單位對意見四及五之回覆，特別是其中的兩點：
- 根據ECOPATH之手冊，前後文是說由於細菌或微生物不易可靠地統計其生物量、生產量及呼吸量，故建議最好不要把細菌納入模式中，否則反而會影響其他部分所作之模擬結果。除非把細菌當成是detritus的一部份來作。換言之，ECOPATH並不贊成將細菌列為單獨之一項，故開發單位之回覆意見有所曲解。
- 紅樹林分布雖不直接在七股潟湖旁，但在淡水入流之大排及其周邊地區對潟湖生態之影響絕對是有關的，因為其營養鹽是會隨水體之流動而注入潟湖中，故其影響應納入湖生態模式中。
- 在南側部分以支撐方式進行。
- 儘量再減少潟湖使用面積，潟湖如能避免使用為上策。
8月17日，開發單位提出《濱南工業區開發計畫環境影響評估審查委員會第六十六次會議八項應補充修正意見資料答覆說明》。
10月8日，環保署再請開發單位就下列事項答覆說明： 應具體答覆「以棧橋方式輸煤及其他機具設備不破壞潟湖為原則」之建議，除經費外，是否還有其他不能照辦之理由？
10月15日，開發單位提出《濱南工業區開發計畫環境影響評估審查委員會第六十六次會議八項應補充修正意見資料答覆說明》。關心潟湖生態的專家學者仍然無法接受開發單位的答覆說明。此時，環保署內部簽了一份文件：「有關濱南工業區開發計畫環境影響評估審查委員會第六十六次會議八項應補充修正意見經開發單位三次補充、修正未獲確認，依本署環境影響評估書定稿或補正事項確認作業要點規定，擬請本案召集人張祖恩副署長邀集與該確認事項有關專家學者召開會議確認有關事項。」
11月5日，環保署邀請該位專家學者至張副署長辦公室召開「濱南工業區開發計畫環境影響評估審查委員會第六十六次會議八項應補充修正意見確認會議」，獲致下列結論：
- 有關潟湖之使用，應依本案環境影響評估審查結論六「…開發初期為興建港灣之需要，最多使用百分之五之潟湖面積外（並需維持北潮口之暢通），餘潟湖面積暫不得使用。」列明為興建港灣所需之相關內容，至於後續之土地使用暫不列入。
- 有關開發單位答覆「本計畫以部分採取棧橋方式…」，其詳細內容，請併入經濟部工業局之工業專用港環境影響說明書中加以敘明。
- 工業專用港環境影響評估應依本案環境影響評估審查結論四辦理。
環保署這個動作，真的很奇怪！
◎定稿難搞定
不曉得是環保署累了，或者是開發單位該修正的，該確認的都已經全數修正、確認完畢，環保署終於在2001年12月12日發函給開發單位，請開發單位將審查結論、歷次審查會議（十四次專案小組初審會、三次專家學者初審會）補正事項、歷次確認事項（八項應補充修正意見）及有關濱南工業區開發計畫環境影響評估審查委員會第六十六次會議八項應補充修正意見確認案納入定稿，送環保署備查。
也就是說，環保署明確的告訴開發單位，可以準備提報環評報告書定稿本了！
此時，反對濱南工業區開發計畫的蘇煥智才剛當選台南縣縣長，上任後不久，便於2002年1月16日函請環保署就本案是否有開發的必要，再與經建會及經濟部協商審議，且建請在工業專用港環評未定案前，暫勿定稿核備。
2003年8月15日，開發單位終於把《濱南工業區開發計畫—石化綜合廠、精緻一貫作業鋼廠與工業專用港環境影響評估報告書（定稿本）》及審查費貳萬元送到了環保署。
此時，環保署啟動了開發單位環評報告定稿本的認可程序！
9月29日，環保署函請開發單位就下列事項予以補充，並修正《濱南工業區開發計畫—石化綜合廠、精緻一貫作業鋼廠與工業專用港環境影響評估報告書（定稿本）》：
- 僅提出沙洲保護計畫，並未明確承諾負責辦理補償（賠償）措施。
- 針對本計畫開發後造成青山港淤積所提出之因應對策，其處理方式如定期浚深港口航道或延長港口防波堤等是否已與漁業單位協商。
- 雖於意見處理情形及本文（p.4-11）中均述及「潟湖之使用面積比例為4.982%，主要為興建港灣所需，至於後續之土地使用暫不列入」，惟比對報編範圍圖（圖4-3）及配置圖（圖4-4），本案所使用4.982%潟湖並未位於所標示之工業專用港範圍內。再比對其分區開發範圍圖（圖4-5），本案所使用4.982%潟湖位於所標示A1（鋼廠用地）B1（石化廠用地）之範圍內，仍需請開發單位釐清說明。
12月29日，開發單位提出補充與修正資料。
由於濱南案環評報告書（初稿）審查結論：「本計畫開發規模龐大，並涉及填海造地工程，對海洋生產力、生態將造成影響，為減輕本計畫對海岸、潟湖及生態之衝擊，開發單位應以分期分區方式進行開發，且開發初期為興建港灣之需要，最多使用百分之五之潟湖面積外（並需維持北潮口之暢通），餘潟湖面積暫不得使用。」所稱「開發初期」、「興建港灣之需要」及「最多使用百分之五之潟湖面積」均為使用潟湖的必要條件，缺少其中一項即不符合審查結論要求，因此，環保署再於2004年2月6日函請開發單位就下列事項予以補充，並修正環評報告書定稿本：
- 於《濱南工業區開發計畫石化綜合廠、精緻一貫作業鋼廠與工業專用港環境影響評估報告書（定稿本）》第四章增列：「不得以『為興建港灣之需要』以外之任何理由使用潟湖」，並附註於濱南工業區報編範圍圖（圖4-3）、濱南工業區配置計畫圖（圖4-4）及濱南工業區分期分區開發範圍圖（圖4-5）中。
- 請修正前開評估報告書（定稿本）名稱為《濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書（定稿本）》。
2月19日，開發單位再度提出補充與修正資料。
3月8日，環保署針對開發單位所送的答覆說明資料，重申：
- 依據本署九十三年二月六日環署綜字第○九三○○○九二四一號函（諒達），「開發初期」、「興建港灣之需要」及「最多使用百分之五之潟湖面積」均為潟湖使用之必要條件，缺少其中一項即不符合本案審查結論六。依據上述條件使用之潟湖，應納入工業專用港範圍內，並且載明「不得以『為興建港灣之需要』以外之任何理由使用潟湖。」
- 有關《濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書（定稿本）》。第四章及「濱南工業區報編範圍圖」（圖4-3）、「濱南工業區配置計畫圖」（圖4-4）及「濱南工業區分期分區開發範圍圖」（圖4-5），請依前項所述加以修正。
3月16日，開發單位提送補充與修正資料。
4月22日，環保署針對開發單位所送的答覆說明資料詢問：第4-1頁所稱「建廠用地」與圖4-3及圖4-4之「工業區範圍線」關係為何？圖4-5是否為「建廠用地」之分期分區開發範圍？並請開發單位依1993年9月29日、1994年2月6日與1994年3月8日函示意見，補正編製環境影響評估報告書。
7月2日，開發單位將《濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書（定稿本）》送到環保署。
8月26日，環保署函請開發單位就下列事項提出補正：
- 依據 貴公司對本署九十三年四月二十二日環署綜字第○九三○○二八七四一號函意見之回應說明，「工業區範圍線」即「建廠用地範圍」；另依所送報告第4-11及4-34頁，石化廠廠區及一貫作業鋼廠廠區，分別包括廠房用地及必要性服務設施用地兩大類。由於上述用地名稱與促進產業升級條例第二十九條規定不同，且為避免外界將「建廠用地」與「廠房用地」混淆，建請妥予修正。
- 第4-5頁圖4-4濱南工業區配置計畫圖，無法辨識石化綜合廠廠區及精緻一貫作業鋼廠廠區之範圍，亦完全未將各項設施配置情形標示於圖上，請補充、修正。
- 第6-396頁列出「石化綜合廠土地使用計畫面積分配表」，一貫作業鋼廠部分則未見，請補充。上述土地使用計畫面積分配情形為本工業區開發計畫內容之重要項目，請改列於第四章。
- 第4-4頁圖4-3濱南工業區報編範圍圖，看不出本工業區報編範圍，請修正。
- 第4-7頁圖4-5濱南工業區分期分區開發範圍圖及4-18頁圖4.3.3.2.4-1濱南工業區分區填地範圍示意圖，與圖4-4及圖4-5似不相符，未標示A、B代表之意涵、圖與說明不符（無「B6」及料源區），請修正。
- 第4-6頁稱「規劃以4.982%潟湖做為施工基地，供製作與存放沉箱、塊石等施工材料，並藉以能分向海側及陸側展開各種臨時圍堤、海堤、防波堤及抽砂造地等工程」乙節，是否確實符合審查結論六（開發初期為興建港灣之需要），請再加以檢討修正。
- 依審查結論「四、工業專用港之開發，應由工業主管機關另案實施環境影響評估，依法定程序送審。」請將上述審查結論文字於第四章4.3「濱南工業區工業專用港開發計畫」載明。
- 「開發單位履行環境影響評估責任承諾書」所載之書件名稱有誤，請予更正，並應經開發單位負責人簽名或蓋章。
為了《濱南工業區開發計畫—石化綜合廠、精緻一貫作業鋼廠與工業專用港環境影響評估報告書》的定稿，環保署與開發單位就這樣子一來一回。
至於後續的演變，我就沒有再問下去，只是天真的以為這個案子結束了。
定稿公告後
2004年8月26日，環保署發出要求開發單位補正的公文後，開發單位怎麼回應？定稿本有沒有核可？我真的不知道！
2005年，一整年下來，風平浪靜，這個故事的結束應該可以成真！？
2006年1月26日，打開自由時報一看：沉寂已久的濱南工業區開發案已完成環評作業程序，環保署上週正式公告濱南案環評報告書定稿本。
真的耶，環保署真的依《環境影響評估法》第十三條第三項規定，在2006年1月19日以環署綜字第0950006595號函公告《濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書》審查結論及《環境影響評估報告書》摘要。
當天晚上，收到環保署的環保新聞與訊息快訊：環保署依法公告濱南工業開發案環評審查結論，裡頭寫到《濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書》已經在2004年12月16日依法予以認可。換言之，2006年1月19日的公告只是依《環境影響評估法》相關規定辦理而已！
據悉，2004年12月16日同意認可《濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書》的函件（環署綜字第0930074745號），並未副知台南縣政府。
從程序上來看，環保署或許可以強調是依法行政，但從環境影響評估的實際內容來看，環評有條件通過、通過後的資料補充與定稿本的認可，卻有許多可議之處，環保署實在不必要為走完程序而走完程序，況且開發預定地及週遭環境在環評報告書定稿本認可與公告前，已經出現《行政程序法》所稱的「發生新事實或發現新證據」，環保署應可斟酌予以較有利益的處分。
2006年2月9日，蘇煥智拜訪環保署張國龍署長，重申任內不讓濱南案過關的決心，更明確希望環保署依《行政程序法》廢止《濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書》審查結論及《環境影響評估報告書》摘要的公告，否則，不排除重回街頭，再度走上抗爭之路。
才於2005年6月8日就任的張國龍署長，除一再強調依法行政與已盡最大努力的立場外，也同意就《行政程序法》的適用問題建立聯繫窗口進行研議。
在蘇煥智拜訪環保署之後，台南縣政府整理出包括「濱南工業區環評計畫送審時，尚未設雲嘉南國家風景區，然而該地區已經行政院於2003年11月21日公告核定為雲嘉南國家風景區的一部分」、「濱南工業區規劃在七股潟湖北端設置工業港，阻塞潟湖北端出口，勢必造成該地區大寮排水無處宣洩洪水，嚴重影響排水功能」、「工業區設立將造成水質惡化，衝擊潟湖養殖業，影響漁民生計」、「京都議定書已於2005年2月16日生效，濱南工業區所引進的煉鋼廠及石化業，都屬於高二氧化碳排放的產業，一旦濱南工業區開發，將排擠我國其他傳統產業的發展，招致國際經濟制裁並損及我國國際形象」、「濱南工業區估計每天用水量約20萬噸，但水資源局只承諾每天供水8萬噸，且至2006年為止」與「開發案將加速國土流失，使得七股潟湖多樣、且豐富的生態及環境面臨無可回復的災害，違背國家永續發展、海岸永續利用的目標」等理由，函請環保署依《行政程序法》第123條廢止《濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書》的公告，以免對社會公益造成危害。
同時，我也進一步去蒐集《濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書（定稿本）》認可後、公告前的一些資訊，資料顯示：
2005年4月19日，台南縣政府列舉京都議定書生效、雲嘉南國家風景區核定與台南縣曾文溪口黑面琵鷺野生動物重要棲息環境公告等事實，函請環保署基於情勢變遷原則，依《行政程序法》第123條第四款暫緩定稿，重開環評。5月30日，環保署回文表示有關開發單位環評報告書的認可係依《環境影響評估法》第十三條第二項規定辦理，至於京都議定書、雲嘉南國家風景區與台南縣曾文溪口黑面琵鷺野生動物重要棲息環境等情勢變遷與本計畫的關係，則建議台南縣政府逕向目的事業主管機關（經濟部）提出，請其在核發許可前納入考量。
6月28日，台南縣政府函請經濟部在核發濱南工業區開發計畫許可前，將行政院核定公告的雲嘉南國家風景、農委會公告的台南縣曾文溪口黑面琵鷺野生動物重要棲息環境與京都議定書的生效等納入考量。9月2日，經濟部工業局回文給台南縣政府，《濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書（定稿本）》業經環保署同意認可，有關工業區及風景區開發土地使用競合課題，刻由內政部區域計畫委員會依權責處理，至於本案是否編定為工業區，將依《促進產業升級條例》第二十三條規定辦理。
7月1日，台南縣政府因六一二水災的衝擊，函請環保署再審慎考量濱南工業區開發計畫對於七股及周邊地區排水的衝擊，勿遽然核定環評報告書。
7月12日，蘇煥智拜訪剛上任的張國龍署長，請環保署依《行政程序法》廢止濱南工業區開發計畫環評審查結論。
7月22日，環保署就《濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書》審查結論公告事宜，函請經濟部、交通部、內政部與台南縣政府查照。
7月28日，交通部轉請運輸研究所研處。
7月29日，交通部運輸研究所回文表示：經查本案審查結論未有涉及交通議題者，故本所無意見。
8月11日，台南縣政府列舉七項理由，請環保署依《行政程序法》第123條規定，重新檢討本案：（1）濱南工業區所引進一貫作業鋼廠、石化綜合廠兩個產業，屬於高二氧化碳排放量，將嚴重影響台灣溫室氣體的減量目標，影響國家整體利益及國際形象，與國際環保公約京都議定書背道而馳。（2）濱南工業區為高耗水資源產業，未來設置將面臨水嚴重不足問題，並對本縣民生、農業與工業區間之用水產生極大壓力與排擠效應。（3）行政院已於92年11月21日公告核定「雲嘉南濱海國家風景區」，定位以發展鹽田產業景觀、遊憩與渡假村為主；再者，行政院農業委員會亦於91年10月14日公告「台南縣曾文溪口黑面琵鷺野生動物重要棲息環境」，以保護瀕臨絕種鳥類－黑面琵鷺棲息地避免遭受人為影響及破壞，惟濱南案周邊開發將直接或間接對黑面琵鷺棲息環境造成衝擊，實不宜在國家風景區內開發作為工業區用途，應以發展休閒觀光為優先。（4）濱南工業所引進之一貫作業鋼廠、石化綜合廠，所產生之酸雨及懸浮微粒等空氣污染，將嚴重影響南部科學園區晶圓與光電等高科技製程及不良率之提高，而科學園區之生產機能受到威脅，將影響業者投資意願，對於南科未來發展產生不利影響。（5）本縣七股地區地勢平坦、排水不易，近日來受到612豪雨及海棠颱風等影響，已造成當地多處淹水災情，未來工業專用港設置，潟湖北端封閉設置工業專用港，大寮排水將無處宣洩洪水，勢必嚴重衝擊七股地區排水系統，造成水患。（6）七股潟湖北端設置工業專用港，航道一旦封閉，七股、將軍一帶漁民無法進出潟湖捕魚作業，造成漁民生計問題；又潟湖與外海間原有二處海水交換，僅剩一處時將導致潟湖與外海間海水交換困難，潟湖水質勢將惡化，直接衝擊潟湖養殖者，可能進一步引發養殖業者抗爭。（7）本縣七股網子寮汕、頂頭額汕和青山港汕等沙洲是本縣海岸最重要天然屏障，能夠阻擋海浪入侵，孕育豐富生態資源，惟工業區之專用港興建，其防波堤突出海岸數公里，海岸將受到嚴重淤蝕，使國土及生態資源大量流失，珍貴的潟湖濕地景觀亦將消失，造成無法彌補的生態浩劫與沿海漁場遭到破壞。
9月21日，內政部回文表示：（1）開發計畫所在區位周遭業經台南縣政府配合「挑戰2008國家發展重點計畫」之「觀光倍增計畫」，報經行政院核定作為「雲嘉南濱海國家風景區」使用，二計畫間之使用似存在環境影響是否相容或競合等問題，貴署前於環境影響評估審查時，是否納入考量，如無，應否一併納入考量，請卓處。（2）查91年12月20日行政院國家永續發展委員會第15次委員會討論通過「國土資源工作分組」行動計畫表略以：「…不減少自然海岸線…」。本部營建署爰將「維持自然海岸線比例不再降低」之政策目標，納入本次區域計畫第2次通盤檢討（草案），以指導海岸永續利用。依該計畫草案，將非都市土地使用分區中增列「其他使用區（海域區）」，並以保育為原則，除行政院核准之重大計畫外，不再受理設施型海埔地及海域之開發計畫申請。海岸地區應以維護海岸自然環境、保障公共通行與公共水域使用權、提昇親近海洋權益、增進公共福祉或配合行政院核定興建國家重大設施為優先；除應採取避免或減輕海岸生態環境衝擊之有效措施外，得以一定比率之海岸新生地或鄰近海岸之適當土地，採取彌補或復育該一區域內生態環境損失之有效措施，並納入開發管理計畫管理之。目前該計畫（草案）正由本部區域計畫委員會審議中，併予敘明。
9月28日，經濟部回文表示：查濱南工業區開發計畫於88年12月17日經 貴署環境影響評估審查委員會第66次會議審查達成結論，開發單位嗣於92年8月15日起陸續提出環境影響評估報告書修訂本，並經 貴署於93年12月16日環署綜字第0930074745號函同意認可，故有關「濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書審查結論公告事宜」，建請仍依環境影響評估法相關規定辦理。
10月4日，台南縣政府就《濱南工業區開發計畫環境影響評估報告書》審查結論公告事宜，再度發函給環保署，表達反對的立場。
從過程來看，環保署顯然比較在意經濟部的意見，而台南縣政府的反對立場似乎撼動不了環保署的既定程序，期待內政部區域計畫委員會能在審查濱南案時，堅持「維持自然海岸線比例不再降低」的政策目標。
家旺伯走了
家旺伯的身體狀況從農曆過年以後，每況愈下。2006年2月15日，七股龍山村鄉親與環保團體在七股海岸保護協會召開記者會，發表聲明抗議環保署公告濱南案環評報告書，戴著呼吸器的家旺伯仍打起精神前往參加。不到一個月，家旺伯離開了念念不忘的內海。3月22日，在家旺伯的告別式裡，昔日的戰友都來了，台灣環保聯盟與七股海岸保護協會為家旺伯護上會旗，感念他為七股內海所做的努力，我也把當天我為家旺伯所做的生平介紹，紀錄下來：
七股內海兮勇士－家旺伯
陳家旺老先生，就是我所敬愛，麻是逐家所懷念兮家旺伯，西元1938年（民國27年）5月初6，出生佇七股山仔寮，24歲兮時候，佮差伊兩歲兮蚶寮人黃隆小姐（就是咱家旺姆）結婚，生兩個孝生，一個查畝（這個查畝不幸佇舊年8月，早一步來離開即兮世間），經過69冬兮奔波、辛苦，這個月（3月）11號（農曆2月12）暗時10點，因為肝癌來過往。
家旺伯佮真濟生活佇海邊兮歐吉尚相款，天還不亮，著出海去收網罟，天漸漸光，將收來兮魚仔、蝦仔、蟳仔，拿去市場拍賣，然後返去厝，猶欲整理漁網、剝蚵，甲飽後，歇睏一下，擱出海去整理蚵棚。
就這樣，日子一工過一工，一冬過一冬。
我，佮許多出世佇鄉下兮囡仔相款，大漢出外去讀書，找頭路，最多，過年過節返來故鄉走走看看。
家旺伯佮我，就親像過路兮兩耶人。
但是，12年前（1994年、民國83年），因為兩個財團要來七股開發濱南工業區，要將七股內海坉起來，要引進高污染兮七輕石化廠佮大煉鋼廠，因為安咧，我佮家旺伯，佮真濟鄉親好朋友逐家來熟似、結緣。
12冬來，不管是在地抗爭，參加南瀛苦行，出外到台北表示意見，參加立法院兮公聽會，或者是參加環保署兮審查會議，家旺伯佮許多鄉親共款，不願意缺席，總是為著要保護這塊祖先留下來兮內海；1996年開始，推動生態旅遊，組織七股海岸保護協會，擔任總幹事，向關心兮媒體佮各地前來參觀兮朋友介紹內海，介紹這塊土地兮故事，介紹當地反對污染兮聲音，讓佫卡濟人認識七股內海、認識反七輕、反大煉鋼廠兮聲音。
今年農曆正月初一，我返來看家旺伯，這麻是我最後一次看到家旺伯，我看伊，情況已經不是盡好，但是，伊所關心兮，猶原是開發案甘有法度擋落來？伊問我，是安怎過去反七輕兮人做環保署長，要來公告七輕兮環境影響評估報告書，伊擱交待阮向煥智縣長反應，伊說內海出現問題，特別是去年水災後，內海兮魚越來越少，越來越歹扐……。2月15日山仔寮鄉親佮環保團體發表聲明，對環保署提出抗議，家旺伯麻戴著呼吸器來到現場，對濱南案付出伊最後一遍兮關心。
雖然，家旺伯已經離開咱，但是伊兮堅持、伊兮願望，一直留佇咱兮心裡，督促咱打拼來保護這塊內海，我麻愛向家旺伯報告，您兮交待，咱已經開始兮進行，台南縣政府佮七股海岸保護協會、台灣環保聯盟已經提出行政佮訴願程序，要求行政院撤銷濱南案兮公告，台南縣政府麻準備成立水利局，設立海岸保護課來解決沙洲佮潟湖兮問題。
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